Chunfu Shawn's Blog

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哈希表（Hush Table）介绍和Java、JavaScript的实现

哈希表的详细介绍，并利用Java、JavaScript两种语言实现Hush table

什么是哈希表：数组和向量都可以存储对象，但对象的存储位置是随机的，也就是说对象本身与其存储位置之间没有必然的联系。当要查找一个对象时，只能以某种顺序（如顺序查找或二分查找）与各个元素进行比较，当数组或向量中的元素数量很多时，查找的效率会明显的降低。一种有效的存储方式，是不与其他元素进行比较，一次存取便能得到所需要的记录。这就需要在对象的存储位置和对象的关键属性（设为 k）之间建立一个特定的对......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/09/22

R中离散坐标轴的排序、子集选择与合并

对坐标轴映射的离散数据的排序、选择与合并

一、离散坐标轴的排序 ggplot2中，x轴的排序有一定规则： 如果是factor类型，则使用factor的level属性作为排序依据 如果是character类型，则按照字母顺序 1、将数据类型变成factor 我们想要自定义顺序，要设置为factor类型，使用levels来定义顺序； 例如： 123456data_percentage$time = factor(data_perce......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/09/21

求解无约束最优化问题的方法总结

求解无约束最优化问题的方法

持续填坑中。。。 假设多元目标函数是上具有一阶连续偏导的函数，要求解的无约束最优化如下： 一些经典的无约束优化问题，例如： 1、数据拟合，类似最小二乘法，但是我们想用一个指数来拟合： 2、假设数据为正态分布，使用正态分布来拟合： 正态分布模型：  代价函数：  要求估算出 来最大化概率分布 3、找到一堆数据的几何中心，几何中心满足跟所有多元数据的二范式最小： 一、分块松弛法 对于多......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/09/20

深究JS中的数据类型和变量拷贝（R语言类似)

学习变量的存储结构

一、数据类型 JS中的每一个值都属于一种数据类型，一共有六种： （1）数值（number）：整数和小数；（2）字符串（string）：文本；（3）布尔值（boolen）：表示真伪的两个特殊值，true/false；（4）undefined：表示未定义或者不存在；（5）null：表示空值；（5）对象（object）：各种值的合成；（ES6又添加了两种数据类型，Symbol：独一无二的值；和B......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/08/11

R和JavaScript中的特殊值

R和JavaScript中的特殊值

R中的Inf、NA、NaN和NULL1. InfR中的无穷大用Inf表示（即Infinity，无穷大），负无穷表示为-Inf。要检查一个数是否为无穷，可以使用is.finite()或者is.infinite()函数。 1234567> 1/0[1] Inf> -1/0[1] -Inf#Inf可以参与运算> 2/Inf[1] 0 2. NA**NA表示缺失值，即“Missi......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/07/15

编程和概率统计等学习网站的汇总

汇总了JavaScript、R、Bash、Python等一些学习网站

本人使用的编程语言包括：JavaScript、R、Bash和Python等，这篇文章主要是总结一些自己自学编程过程中认真看过的网站，省去了许多自己买实体书的费用（网络让知识获取更加方便了），很多一般的网站我就不贴上来了，一些好的网站我没有看过也欢迎大家来补充！ 大家可以参考着自学，学习也需要日积月累，名单不定期更新！ 1、JavaScript学习JavaScript建议从CommonJS......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/06/28

ATAC-seq数据分析流程

ATAC-seq原理和流程与代码

ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质，结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时，结合变得松散让 DNA 暴露。暴露的 DNA 能被 Tn5 转座酶切割，与核小体紧密结合的 DNA 无法被切割。Tn5 转座酶切割 DNA 时插入测序接头，经过 PCR 扩增等步骤就完成了测序建库。 ATACseq 建库 如下图所示，因为间隔的核小体数目不......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/06/18

相似性量度（Similarity Measurement）大总结

多种相似性量度的公式、比较分析和应用

This document isn't finished and will be updated anytime. 在做分类时常常需要估算不同样本之间的相似性度量（Similarity Measurement），这时通常采用的方法就是计算样本间的”距离“（Distance）。采用什么样的方法计算距离是很讲究，甚至关系到分类的正确与否。 本文的目的就是对常用的相似性度量作一个总结。 一、距......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/05/24

三种相关性检验与比较（两个变量之间）

Pearson, Spearman, Kendall correlation, and comparison between Pearson and Spearman

三个相关性系数（pearson, spearman, kendall）反应的都是两个变量之间变化趋势的方向以及程度，其值范围为-1到+1，0表示两个变量不相关，正值表示正相关，负值表示负相关，值越大表示相关性越强。三者相关性检验都为非参数检验。 一、协方差： 可以通俗的理解为：两个变量在变化过程中是同方向变化？还是反方向变化？同向或反向程度如何？ 期望值分别为E[X]与E[Y]的两个实随......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/05/17

哺乳动物大脑皮层（Cerebral cortex）的发育过程

哺乳动物大脑皮层的发育过程

转载自微信公众号：醉心科学 哺乳动物出现了高度发达的大脑皮层（cerebral cortex），新发展起来的大脑皮层在调节机能上起着重要作用，虽然皮层下各级脑部及脊髓也有发展，但在机能上已从属于大脑皮层。大脑皮质是调节躯体运动或者说控制躯体运动的最高级中枢，人类的大脑皮层更产生了新的飞跃，有了抽象思维的能力，成为意识活动的物质基础。大脑皮层在记忆、注意力、思考、语言、意识、知觉等方面发挥......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/05/09

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