Chunfu Shawn's Blog

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0-based & 1-based的解释和转换实例

0-based & 1-based的区别、优劣势、原因和转换实例

转载自：https://www.jianshu.com/p/f8dd323d3c2c CheatSheet首先先放上 0-based 和 1-based 的cheatsheet Format Type UCSC Genome Browser tables（USCS浏览器背后的数据集） 0-based BED 0-based BAM 0-based BCF 0-ba......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/05/08

生信常见文件的格式以及查看与处理方式

fasta、fastq、gff、gtf、bed、bed12、sam、bam、wig、bigwig、bedgraph、vcf等文件格式的介绍和处理

生信常见文件的格式以及查看与处理方法 生信分析过程中，会与很多不同格式的文件打交道，除了原始测序数据fastq之外，还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如bed、bed12、sam、bam、wig、bigwig、bedgraph、vcf等，生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义，以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下一......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/05/08

是否需要以及如何进行reads去重复

是否需要去除PCR重复，选择去除的工具？

转载自简书：****讨厌又迷人的reads去重复**** 在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此一些“无关紧要“细节就被我们刻意的忽略了…… 但是随着我们对于测序数据的认识不断加深，我们要考虑的小细节便越来越多。其中，是否去除PCR重复就是一个很值得思考的问题。 关键点： RNA-......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/05/07

什么是“Insert 插入片段”？

介绍二代测序中关于reads的基本知识

转载自微信公众号”碱基矿工“：****一篇文章说清楚什么是“插入片段”？**** 插入片段到底是什么。 可能对于许多生信肉鸟来说，并不觉得这是一个问题，有时太过熟悉觉得显而易见，最后反而是视而不见。但殊不知对于很多新手而言，特别是完全不知道NGS技术的跨界新手来说，却不是一个简单的问题（其实把简单的问题搞明白也并非都是一件容易的事情）。相信许多人第一次看到这个东西的时候心中或多或少都会有......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/05/07

（四）Blog的高级自定义功能

自定义blog的功能

This document is not completed and will be updated anytime. 一、添加阅读次数统计静态网站建站现在有很多快速的技术和平台，但静态是优点也有缺点，由于是静态的，一些动态的内容如评论、计数等等模块就需要借助外来平台，评论有“多说”，计数有“不蒜”！（多说已经关闭，不蒜子还活着） “不蒜子”与百度统计谷歌分析等有区别：“不蒜子”可直接将......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/05/05

（三）使用Hexo搭建Blog过程中的报错

Hexo相关报错的解决

This document is not completed and will be updated anytime. 1. Deployer not found: git 报错我已经在站点配置文件中写入了: 12345Copydeploy: type: git repo: git@github.com:lanlan2017/lanlan2017.github.io.git # G......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/05/01

（二）基于Hexo与Huxpro.github.io搭建Blog

如何使用Hexo搭建个人Blog？

本人发个人博客是希望不受限于微博、知乎或者简书等平台的审核，希望我记录的一些文字能够保存在自己的硬盘里，避免因为某一天公共平台的关闭而消失在互联网中；并且我也希望能够定制自己的页面，设计一些delicate的前端功能，所以才想搭建 个人博客。 但是如果发博客因为使用html进行排版而浪费太多时间又适得其反，所以我选择了Hexo。 什么是 Hexo？ Hexo 是一个快速、简洁且高效的博客框......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/04/30

（一）依靠GitHub Pages的个人Blog

如何依靠GitHub Pages搭建个人Blog

Preface一直想做一个博客或网站，这样有经营自己店铺的感觉，也能记录一下自己的思考，培养科研外的副业技能；我平时有使用notion记笔记的习惯，于是我也想把自己的笔记分享给大家。 搭网站或者博客最基本的就是需要 服务器+域名，服务器和域名都可以去阿里云或者Amazon等服务商进行购买和注册，不懂如何操作的可以自行去百度一下（在帮助实验室建立和运营数据库的过程中摸爬滚打…） 服务器国内建......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/04/28

The 6mA and enhancer-promoter (EP) regulation mechanism

课题的背景调研,learning

6mA regulation mechanism1. the mechanism of the enhancer-promoter (EP) interaction （1）Core Promoter Targeting within TADs TADs can restrict or direct enhancer function during transcriptional regu......

Posted by Chunfu Shawn on 2022/04/27

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